O palco é Ayanagi City, uma cidade perto do mar Japan. É uma cidade futurista que foi construído para realizar a recuperação da calamidade causada pela "Síndrome de apatia" 10 anos anterior. Aluno da Escola Secundária Shin Kanzato com seu irmão mais novo Jun, reunir-se com seu irmão mais velho Ryou, que é o chefe da polícia da cidade Ayanagi, novamente depois de dez anos. Naquela época, uma série de incidentes estranhos acontecem em Ayanagi Cidade, como a tripulação de um submarino que de repent e desaparece, enquanto em seu submarino, ou um sintoma sem espírito que perturba o mundo após dez anos, ou o caso do cadáver de dentro para fora, onde uma estudante tomou uma aparência cruel. Ryou rastreia a organização por trás da série de incidentes e, tendo se envolvido nos incidentes, Shin desperta o "Persona".